Фамилия Какуня — редкий случай, когда географический и языковой след почти очевиден, но не лежит на поверхности. В отличие от большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, она сохранила форму, типичную для западнорусских и украинских говоров, где суффикс -уня часто образует прозвища или уменьшительные имена.

Основа фамилии — корень «как-». Самое прямое объяснение: прозвище Какуня могли дать человеку, который картавил или не выговаривал звук «р», заменяя его на «к» — вроде «какуня» вместо «каракуля» или «каракунь». В диалектах русского языка слово «какуня» фиксируется как шутливое или бранное обозначение того, кто говорит невнятно, «какает» — то есть издает нечленораздельные звуки. Это не оскорбление, а бытовая характеристика, как Говорун или Молчун.

Есть и вторая, менее очевидная версия. В украинском языке «какун» — это растение, куколь (Agrostemma githago), сорняк, который засорял посевы. Прозвище Какуня могло закрепиться за крестьянином, жившим на поле или работавшим с зерном. Но эта гипотеза слабее: прозвища от названий растений обычно образуются через суффикс -ец (Какунец) или -ик, а не -уня.

Суффикс -уня — характерная черта фамилий, возникших в белорусских и малороссийских землях. Он придаёт основе ласкательный или пренебрежительный оттенок, как в фамилиях Грицуня, Петруня, Хвастуня. Какуня — не исключение: скорее всего, это прозвище, данное человеку с речевым дефектом, которое потом закрепилось как фамильное имя в одной из ветвей рода.

Фамилия крайне редкая. Встречается в основном на западе Украины (Волынь, Галиция) и среди потомков переселенцев в Сибири. В дворянских родословных книгах не упоминается — носители Какуни почти наверняка были крестьянами или мещанами. Поиск по архивам осложняется тем, что при переписях фамилию могли записать на слух как «Кокунья» или «Какунья», что размывает её географию.