Фамилия Качунина — женская форма от Качунин, а та, в свою очередь, — отчество-притяжательное, образованное суффиксом -ин от прозвища или нецерковного имени Качуна. В основе лежит древнерусский глагол «качать» (качнуть, качать) или диалектное слово «качун». Здесь стоит остановиться подробнее, потому что значение может различаться в зависимости от региона.

Наиболее вероятная версия: в северных и сибирских говорах «качун» — это качели, а «качуном» могли прозвать человека, который их мастерил, либо того, кто любил качаться. В южнорусских и украинских диалектах «качун» — это растение багульник, но прозвище от растения маловероятно для фамилии. Есть и третья, более редкая версия: в архангельских говорах «качуля» — колыбель, зыбка, и «качуна» — нянька, качающая ребёнка. Тогда фамилия могла указывать на род занятий: женщина-няня или кормилица.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ин крепится к основе на -а (-я), указывая на принадлежность: «чей?» — Качунин, то есть сын или потомок Качуны. Ударение в фамилии обычно падает на второй слог: Качу́нина, но в некоторых семьях может смещаться на третий — Качуни́на, что выдаёт диалектное произношение.

Фамилия встречается в основном на Русском Севере: в Архангельской, Вологодской областях, а также в Пермском крае и Сибири — в местах, куда переселялись северяне. Качунины не принадлежали к дворянству, это крестьянский или мещанский род. В дореволюционных метрических книгах фамилия фиксируется с конца XVIII века, но как прозвище «Качуна» могло существовать гораздо раньше.

Спорных версий немного: иногда Качунина пытаются связать с тюркским «качун» (убегающий), но это натяжка — фамилия не имеет тюркского ареала и типична именно для русского северо-запада. Проще объяснить её из славянской лексики, связанной с движением и качанием.