Фамилия Канагина, скорее всего, хранит память о прозвище предка, которое было связано с лошадьми. По наиболее распространённой версии, это фонетический вариант фамилии Конагин, образованной от прозвища Коняга. В старину так могли назвать человека, ухаживающего за лошадьми, либо того, кто отличался особой выносливостью и трудолюбием, как конь. Известен, например, случай, когда предков скульптора Коненкова прозвали Конями за то, что они таскали на себе лес для построек.

Менее убедительна тюркская версия, связывающая фамилию со словом «конаг» — «просо». Согласно этой гипотезе, прозвище Конага мог получить любитель этой крупы или земледелец, её выращивавший. Однако лингвистически переход «конаг» в «канагин» объяснить сложнее, чем чередование гласных в русской основе «коняга».

Фамилия Канагина встречается в исторических документах. В Книге памяти Нижегородской области упомянут красноармеец Канагин Геннадий Дмитриевич 1923 года рождения, уроженец деревни Кудрино Константиновского района. Эта запись подтверждает бытование фамилии в центральной России и её связь с крестьянской средой.