Фамилия Калагина — женская форма фамилии Калагин, а та, в свою очередь, пошла от прозвища Калага. С этим прозвищем не всё однозначно: исследователи предлагают как минимум три версии его происхождения, и каждая по-своему интересна.

Самая распространённая гипотеза связывает прозвище с блюдом. В словаре Даля «калага» (или «кулага») — это сырое соложёное тесто, которое часто парили и смешивали с калиной. Название блюда легко превращалось в прозвище: так могли прозвать искусного стряпуна или того, кто особенно любил это кушанье. Вторая версия — ремесленная. Слово «калга» в некоторых говорах означало деревянную чашу или блюдо, вытесанное топором. Если так, то прозвище Калага мог получить мастер по изготовлению деревянной посуды — человек, чья профессия была на виду у всей округи.

Есть и более редкая, но любопытная гипотеза: персидское «калаг» переводится как «ворон». В этом случае прозвище дали по внешнему признаку — скорее всего, за чёрные как смоль волосы. Такие прозвища на Руси тоже были в ходу, хотя и реже, чем «профессиональные» или «кулинарные». Какая из версий верна для конкретного рода Калагиных, теперь не установить, но ясно одно: фамилия образована по простой и типичной модели: прозвище на -а плюс суффикс принадлежности -ин.

Среди известных носителей фамилии — Сергей Викторович Калагин, российский дирижёр. Он работал в Ленинградском академическом Малом театре оперы и балета, затем почти десять лет руководил Казанским симфоническим оркестром, после — Камерным музыкальным театром «Санктъ-Петербургъ Опера». С 1991 года его карьера связана с Мариинским театром, а в начале 2000-х он одновременно был главным дирижёром Новосибирского театра оперы и балета.