Фамилия Калагин — это отчество второго порядка, образованное от личного прозвища Калага. Такая модель (основа на -а + суффикс -ин) типична для северорусских и центральных регионов, где фамилии часто возникали из уличных или домашних имён.

Исходное прозвище Калага — слово с неоднозначной этимологией, что даёт сразу несколько версий происхождения. Самая распространённая связывает его с диалектным «калага» (или «кулага»). В словаре Даля кулага — это «сырое соложеное тесто, иногда с калиною; пареное соложеное тесто». Если прозвище пошло от этого значения, предок Калагиных мог быть либо искусным поваром, либо человеком, получившим ироничное прозвище за любовь к такой еде.

По другой версии, в основе лежит слово «калга» — «деревянная чашка или блюдо, вытесанное топором». Тогда Калага — это «профессиональное» прозвище мастера, который делал деревянную посуду и домашнюю утварь. Эта гипотеза выглядит чуть менее правдоподобной, так как слово «калга» встречается реже и имеет узкорегиональное хождение.

Есть и третья, более экзотическая версия: от персидского «калаг» — «ворон». В этом случае прозвище могли дать за внешность: тёмные волосы, смуглую кожу или даже за хриплый голос. Однако тюркские и иранские заимствования в русских прозвищах обычно касаются бытовых предметов, а не птиц, поэтому эта гипотеза слабее.

Среди известных носителей фамилии — дирижёр Сергей Викторович Калагин. Он работал в Ленинградском Малом театре оперы и балета, Казанском симфоническом оркестре, а с 1991 года — дирижёр Мариинского театра. Это показывает, что фамилия встречается в культурной среде, но её географическое ядро, судя по архивным данным, лежит в Поволжье и центральных областях России.

Точное время возникновения фамилии Калагин установить сложно: процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных фамилий шёл несколько столетий. Но сама модель — отчество на -ин от прозвища на -а — указывает, что фамилия могла оформиться не позднее XVII века.