Фамилия Канакина хранит память о происхождении человека, но её корни неоднозначны — исследователи предлагают несколько версий, и ни одна не отменяет другую. Самая распространённая связывает прозвище Канака с глаголом «конать». В русских говорах это слово означало и «кончать, порешать», и «обижать, гнести», и «наказывать, уча уму-разуму», и «просить, ходатайствовать», и даже «тягаться, мериться силой». Такой разброс значений даёт сразу несколько портретов предка: он мог быть строгим воспитателем, любителем кулачных боёв или человеком, который ходил в суд тягаться с обидчиками.

Другая версия уводит в Крым, к реке Канака. Гидроним выводят из древнеиндийского kanaka — «шиповник»: берега реки, по-видимому, густо зарастали колючим кустарником. Прозвище могли дать человеку, жившему на этой реке или переселившемуся оттуда. Есть и тюркский след: казахское «канаке» переводится как «досыта, вдоволь». Если принять эту гипотезу, прозвище указывало на зажиточного хозяина, у которого в доме всегда был достаток.

Фамилия образована по стандартной русской модели: к основе Канак- добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — Канакин). Такой тип характерен для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а. Потомок человека по прозвищу Канака со временем получил фамилию Канакин, а её женская форма Канакина закрепилась за женщинами рода.