Фамилия Канаки — одна из тех, что сразу указывает на греческие корни. Её выдает суффикс -аки, который в греческой ономастике играет роль, схожую с русским -ов или -ин: первоначально он имел уменьшительное значение («маленький»), но со временем закрепился как указание на происхождение, то есть «сын такого-то». Таким образом, Канаки буквально означает «сын Канны» или «маленький Канна».

Основа фамилии — прозвище Канна. Самое вероятное его объяснение лежит в греческом слове κάννα (канна) — «тростник, камыш». Прозвище могли дать по внешнему сходству: высокому, худощавому, «тростинообразному» человеку. Но есть и вторая, не менее логичная версия: так могли назвать того, кто жил в камышовых зарослях, у тростникового болота или на берегу, поросшем камышом. Оба варианта правдоподобны, поскольку прозвища по сходству с растением и по месту жительства — одни из самых распространённых в народной антропонимии.

Интересно, что фамилия Канаки встречается не только у греков, но и у народов, исторически связанных с греческой культурой — например, у греков Приазовья и северного Причерноморья. В русском контексте она могла закрепиться через браки или миграцию, но её словообразовательная модель остаётся чужеродной для славянских языков, что сразу выделяет её среди окружающих фамилий на -ов и -ин.