Фамилия Канаки, очевидно, образована от прозвища Канна, которое предположительно связано с греческим словом κάννα - «тростник, камыш». Таким образом, прозвище Канна мог получить высокий, сухопарый человек, то есть внешне напоминающий длинный и тонкий тростник. Однако возможно и то, что прозвище Канна дали человеку, жившему в местности, поросшей тростником. Суффикс -аки, типичный для греческих фамилий, первоначально имел уменьшительное значение, однако со временем он закрепился в качестве суффикса, указывающего на имя отца. То есть Канаки буквально понималось как «маленький Канна», «сын Канны».