Фамилия Канаковская — редкий случай, когда географическое название почти наверняка перешло в фамилию, сохранив свою полную форму. Это типичная «топонимическая» фамилия, образованная от названия населённого пункта с помощью суффикса -ск-. Такой способ был характерен для шляхты и дворянства Речи Посполитой, а затем и для русского духовенства, которое часто брало фамилии по названию села или прихода. В данном случае основа — Канаково (или Канаковка). Такие названия встречаются в России и Беларуси, но самое известное — село Канаково в Татарстане. Однако связь с татарским селом маловероятна: фамилии на -ский/ -цкий в Поволжье у русских крестьян — скорее исключение, чем правило. Правдоподобнее, что предок носителя фамилии был выходцем из деревни Канаково, Канаковка или Канаковцы, которые есть, например, в Смоленской, Тверской или Псковской областях, а также на Украине (Канакове в Сумской области). Если же фамилия принадлежала священнику, то её дали по названию храма или села, где служил предок.

Сама основа «Канак» неоднозначна. В русских говорах «канак» — это устаревшее название канала или протока, а в тюркских языках слово kanak может означать «тополь» или «сахарный тростник». В белорусском и украинском языках «канак» — это «кувшин» или «рукомойник». Какая из этих версий сработала в названии деревни — сказать трудно, но для фамилии это уже не принципиально: она закрепилась как указание на место жительства.

Форма Канаковская — женская, мужской вариант — Канаковский. Встречается фамилия крайне редко, в основном в центральной России и на Украине. Из-за суффикса -ск- и окончания -ая она звучит как типичная «дворянская» или «семинарская», но реальное социальное происхождение могло быть любым: от крестьянина, переселившегося в город, до мещанина, взявшего фамилию по месту рождения. Однозначно сказать, кем были предки, без генеалогического исследования нельзя, но география подсказывает, что искать их стоит в западнорусских или украинских землях, где топонимические фамилии на -ский были массовыми у всех сословий.