Фамилия Канаков образована от татарского имени Канак. В переводе с древнетюркского оно означает «сладкий», «любимый» и восходит к слову qanaq — «сливки». Это одна из многих русских фамилий, возникших в среде крещёных татар или в регионах с долгим татаро-русским двуязычием. Суффикс -ов указывает на типичную модель русской фамилии, где притяжательное окончание закрепилось за именем отца: «чей?» — Канаков, то есть сын Канака.

Менее вероятна версия, что в основе лежит прозвище Канак от казахского «канаке» — «досыта, вдоволь, жадно». Если это так, прозвище могло относиться к двум противоположным типам людей: либо к состоятельному, знатному человеку, который ни в чём не нуждался, либо, наоборот, к жадному, ненасытному. Вторая трактовка менее надёжна, так как прямое значение слова ближе к изобилию, чем к скупости.

Фамилия Канаков встречается в Поволжье и Западной Сибири — в регионах, где исторически смешивались тюркские и славянские антропонимические традиции. Встречаются и однокоренные фамилии: Канакин, Канаковский, но именно форма на -ов остаётся самой распространённой.

Спорных гипотез по этой фамилии немного. Славянского корня «кан-» в значении «кануть» или «канава» здесь нет — они не дали бы прозвища, перешедшего в фамилию. Поэтому наиболее убедительным остаётся тюркское происхождение от личного имени со значением «сладкий, любимый».