Фамилия Канакова, скорее всего, восходит к тюркскому имени Канак. В основе лежит древнетюркское слово qanaq — «сливки», которое в переносном смысле дало значение «сладкий» и «любимый». Так могли назвать долгожданного или очень дорогого ребёнка. Модель образования простая: к основе Канак добавили типичный русский суффикс принадлежности -ов, а затем окончание -а, указывающее на женскую линию или принадлежность семье в целом.

Менее вероятна версия, что фамилия произошла от прозвища Канак, связанного с казахским словом «канаке» — «досыта, вдоволь, жадно». В таком случае прозвище могло указывать либо на состоятельного человека, который ни в чём себе не отказывал, либо, напротив, на жадного. Эта версия слабее, потому что прозвища с таким корнем встречаются реже имён, а сама фамилия имеет явный «именной» суффикс -ов.

Фамилия Канакова встречается в регионах с исторически смешанным русско-тюркским населением — в Поволжье, на Урале и в Сибири. Точное место и время возникновения конкретного рода можно установить только через генеалогические исследования архивов, но общая картина ясна: фамилия Канаковых — яркий пример того, как тюркское личное имя стало основой для русской фамилии.