Фамилия Канакиди — яркий представитель группы фамилий, которые появились в Российской империи благодаря греческой диаспоре. Её основа — греческое мужское имя Канакис, которое, в свою очередь, восходит к слову «канаки» (κανακης) — так в некоторых регионах Греции называли любимого, желанного ребёнка, буквально «малыш», «крошка». Таким образом, прозвище или имя Канакис мог получить долгожданный или младший сын в семье.

Суффикс -иди — один из самых распространённых патронимических показателей в новогреческом языке. Он выполняет ту же функцию, что и русские -ов/-ев или -ин: отвечает на вопрос «чей?» и означает «сын такого-то». Поэтому Канакиди — это «сын Канакиса». В греческой ономастике такие фамилии на -иди (а также на -ади, -уди) массово формировались в Малой Азии, на Понте и островах Эгейского моря, а затем попали в Россию с волнами переселений, особенно в конце XVIII — начале XX века.

В России фамилия Канакиди прочно обосновалась в черноморских и приазовских регионах — в Крыму, Краснодарском крае, Ростовской области, а также в Запорожье и Одессе. Именно там, в местах компактного проживания греков, фамилия встречается чаще всего. Интересно, что русский язык часто адаптировал греческие фамилии, меняя ударение или добавляя окончания, но Канакиди сохранила свою исходную форму, хотя в быту её могли склонять по-русски: «у Канакиди», «с Канакидой».

Родственными по корню можно считать фамилии Канакис (исходное имя без патронимического суффикса) и Канаков, которая могла возникнуть при русификации: греческое окончание отбрасывалось, а на его место ставили русское -ов. Однако Канакиди — это именно греческая модель, которая прямо указывает на происхождение предка из греческой языковой среды.

Несмотря на греческое происхождение, для носителей фамилии в России она давно стала «своей», русской, — такой же, как тысячи других фамилий, пришедших с юга страны. Её значение прозрачно и трогательно: в основе лежит не профессия и не географическое название, а ласковое домашнее прозвище, что делает эту фамилию редким примером «тёплой» ономастики.