Мужское крестильное имя Корнелий в переводе с латинского означает «рог». В основу фамилии легла производная форма этого имени — Карнил. Скорее всего, основатель рода Карниловых был человеком из простого сословия. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Карнил, со временем получил фамилию Карнилова.