Фамилия Карнишкин — редкий пример, где основа не очевидна с первого взгляда. На слух она кажется уменьшительно-ласкательной, но за ней стоит не столько имя, сколько прозвище или географическое название.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а корень «карнишк-» восходит к основе «карниз». Однако напрямую «карниз» — слово позднее, заимствованное из немецкого (через польское gzyms или итальянское cornice). В русских говорах бытовала форма «карниш» или «карнишка» — так могли назвать плотника, который делал карнизы, или дом с выступающим карнизом, выделявшийся среди изб. Но более вероятно, что прозвище Карнишка дали человеку с характерной внешностью: например, с выступающим лбом или крупным носом, напоминавшим архитектурный выступ. В ономастике такие метафорические прозвища — обычное дело.

Есть и другая версия, менее очевидная. В псковских и тверских говорах «карнишкой» называли небольшую корзину или лукошко (от «короб»). Тогда прозвище мог получить корзинщик или торговец, носивший товар в корзине. Эта гипотеза слабее, так как не имеет широкого диалектного подтверждения, но полностью исключать её нельзя.

Фамилия Карнишкин — типично севернорусская по ареалу. Суффикс -ин чаще встречается в новгородских, архангельских и вологодских землях, где фамилии образовывали от прозвищ на -а/-я. В центральных и южных регионах преобладала бы форма Карнизов или Карнизский. Если предки были крестьянами или ремесленниками, фамилия могла закрепиться в одной деревне и передаваться по мужской линии без изменений.

В отличие от фамилий на -ов, Карнишкин не связан с календарными именами. Это чисто прозвищная фамилия, что делает её более редкой и сложной для однозначной трактовки. Сравните с однокоренными Карнизов, Карнизный — они встречаются ещё реже и, скорее всего, возникли независимо в разных регионах.

Таким образом, носитель фамилии Карнишкин, скорее всего, потомок человека с заметной чертой лица или ремесленника, работавшего с деревянными деталями дома. Точное значение утрачено, но круг возможных значений узок и конкретен.