Фамилия Канишкин образована от прозвища или нецерковного имени Канишка. Основа — Каниш(к)а, где суффикс -к- указывает на уменьшительно-ласкательную или просторечную форму. Полное имя, от которого всё пошло, — предположительно Константин или Кан (сокращение от Кандид, Канут, а то и от тюркского имени). В русской ономастике суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов на -а/-я: он отвечает на вопрос «чей?» и означает принадлежность человеку с таким прозвищем. То есть Канишкин — буквально «сын Канишки».

Корень «кан-» в русских говорах имел несколько значений. В некоторых диалектах «каня» — кляча, плохая лошадь, а «канить» — побираться, просить. Отсюда прозвище Канишка мог получить нерасторопный, бедный или назойливый человек. Есть и версия, что Канишка — вариант имени Канита (от канон — церковное правило), но она менее убедительна: в документах XVI–XVII веков встречается именно форма Канишка как самостоятельное прозвище.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России. В переписных книгах XVII века упоминаются крестьяне Канишкины в Вологодском и Костромском уездах. Сословно — почти всегда крестьяне или посадские люди, дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано. Редкость фамилии объясняется тем, что основа «каниш-» не получила широкого распространения: однокоренные Канищев, Каничев встречаются чаще, но все они восходят к той же диалектной лексике.

Таким образом, носитель фамилии Канишкин — потомок человека, которого в деревне прозвали Канишкой за бедность, медлительность или навязчивость. Никакой экзотики, зато прямая связь с живым народным языком.