Фамилия Канышкина — женская форма фамилии Канышкин, и её основа та же, что и у мужского варианта. В центре внимания здесь не географическая привязка, а редкая словообразовательная модель. Фамилия образована с помощью суффикса -ин, который в русской традиции указывает на принадлежность: «чей?» — Канышкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Канышка. Суффикс -к- в основе (Канышк-) — это уменьшительный или уничижительный формант, характерный для прозвищ, которые давали по внешности, поведению или занятию.

Корень «каныш» — тёмный и неочевидный. Вероятнее всего, он восходит к диалектному слову «каныш» или «канышка». В русских говорах, особенно в южнорусских и рязанских областях, «каныш» могло означать «кнут» или «плеть», а также «небольшой кожаный мешочек» (от тюркского «каныш» — «мешок»). Если прозвище Канышка дали человеку, который постоянно носил с собой кнут (пастух, возница) или торговал мешками, то фамилия отражала его ремесло или характерную деталь быта.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с тюркским именем Каныш (например, Каныш Сатпаев, известный геолог). В таком случае Канышка — это русифицированная форма имени, уменьшительная, с добавлением славянского суффикла. Однако для фамилии Канышкин такое происхождение редкость, так как обычно тюркские имена давали прозвищный оттенок, а не прямое наследование.

Фамилия не массовая, встречается в основном в центральной России и Поволжье, где исторически сильны диалектные и тюркские влияния. В дворянских родословных книгах она не зафиксирована — скорее всего, носители были крестьянами или мещанами. Спорных версий здесь немного: корень «каныш» однозначно не связан с птицами (канюк) или рыбой (карась), хотя по звучанию это напоминает. Наиболее правдоподобная гипотеза — прозвище от орудия труда или предмета быта, что типично для русских фамилий на -ин.