Фамилия Кабышкина — женская форма фамилии Кабышкин, и её ключ к происхождению лежит в прозвище или нецерковном имени Кабышка. В русских говорах «кабышка» — это невысокий полный человек, коротышка, а в некоторых регионах так называли небольшую тыкву или кабачок, то есть округлый предмет. Слово «кабыть» в диалектах означало «как будто», «кажется» — отсюда прозвище могли дать человеку медлительному или нерешительному, который действовал «как бы». Но самая вероятная версия — прозвище по внешности, от «кабышка» в значении «пухлый, приземистый»: такие прозвища в крестьянской среде были обычным делом и не несли оскорбления, а просто фиксировали примету.

Суффикс -ин в основе Кабышкин указывает на принадлежность: «чей?» — Кабышкин, то есть сын или потомок Кабышки. Это типичная модель русских фамилий XVI–XVII веков, когда отчество или прозвище отца закреплялось за детьми и внуками. Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Ярославской губерниях, где слово «кабышка» в значении «толстяк» хорошо известно по диалектным словарям. Иногда корень путают с «кабак» или «кабачок», но лингвисты связывают его именно с круглой формой: от общеславянского «коб» — «горб, выпуклость».

Редкость фамилии Кабышкина объясняется тем, что прозвище Кабышка не стало массовым: оно оставалось локальным, бытовым, не переходя в фамилии целых волостей. Дворянских родов с такой фамилией нет — это стопроцентно крестьянская или мещанская фамилия, образованная от прозвища, которое давали в деревне за глаза. Если искать параллели, то однокоренные фамилии — Кабанов, Кабачков, Кабыш — имеют ту же семантику «округлости», но Кабышкина стоит особняком из-за уменьшительного суффикса -ышк-, который придаёт прозвищу оттенок скорее ласковый, чем грубый.