Фамилия Канышкова — женская форма фамилии Канышков, и её происхождение связано с разговорными вариантами личного имени или прозвища. Основа «Каныш» — это, скорее всего, диалектная или просторечная форма тюркского имени Каныш, что в переводе с казахского и башкирского означает «кто же?» или «какой?». Такие имена давали в прошлом, чтобы сбить с толку злых духов: считалось, что ребёнок с «вопросительным» именем не привлечёт внимания нечистой силы. Однако в русской среде фамилия могла возникнуть и от прозвища Каныш, которое давали человеку с необычным, «вопросительным» взглядом или привычкой переспрашивать.

Суффикс «-ов» в фамилии Канышков указывает на типичную русскую патронимическую модель: так образовывали фамилии от имён или прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный. Канышков буквально означает «сын Каныша» или «потомок Каныша». Фамилия относительно редкая, и её география неширокая: основные очаги бытования — южные регионы России, особенно Ростовская область и Ставрополье, а также некоторые районы Башкортостана, где смешение русских и тюркских традиций дало подобные словоформы.

В ономастике есть и альтернативная версия: корень «каныш» мог произойти от диалектного глагола «канышать» — то есть «канючить», «выпрашивать». В этом случае прозвище Каныш давали навязчивому просителю или попрошайке, но эта гипотеза менее убедительна, поскольку глагол имеет узкое региональное хождение и не зафиксирован в большинстве словарей. Более вероятно, что фамилия уходит корнями в тюркское имя, адаптированное русским населением.

Сословная принадлежность носителей фамилии Канышковых неоднородна: среди предков могли быть как крестьяне, так и казаки, особенно учитывая южный ареал распространения. Фамилия не относится к дворянским — в родословных книгах она не встречается. Сегодня Канышковы — это потомки тех, кто получил фамилию по имени или прозвищу предка, жившего, вероятно, в XVII–XVIII веках на пограничье русских и тюркских земель.