Фамилия Карнковский — типичный пример фамилии, образованной по польско-украинской модели с суффиксом -ский/-цкий. Такие фамилии в XV–XVII веках носили в основном шляхта и духовенство, но позже распространились и среди крестьян, особенно на западе Российской империи. Основа фамилии — топоним Карнково или Карнков. Скорее всего, предок носителя фамилии происходил из населённого пункта с таким названием: несколько Карнковых есть в Польше (например, в Великопольском воеводстве) и на западе современной Беларуси.

Корень «карн-» восходит к древнепольскому или древнерусскому слову «карный» — «наказательный» (от «кара»), либо к диалектному «карн» — «ворон» (через чередование «кара» — «карн»). Первая версия правдоподобнее: прозвище Карн мог получить человек суровый, связанный с исполнением наказаний, или тот, кто сам пострадал от кары. Вторая версия — от названия птицы — тоже возможна, но встречается реже: в славянских языках «ворон» чаще передаётся через «крук» или «гавран».

Фамилия редкая, не вошла в массовые списки дворянских родов Российской империи. Её носители, скорее всего, были мелкими землевладельцами или однодворцами на территории современной Польши, Западной Украины или Беларуси. В XX веке фамилия встречается рассеянно — от Варшавы до Сибири, куда предков могли переселить или сослать.

Интересная деталь: в польских метриках XVIII века встречается вариант «Karnkowski» с двойным «k», что указывает на возможное происхождение от личного имени Карнко (уменьшительное от Карл или Карп). Но для русской адаптации характерно именно «Карнковский» — с типичным окончанием, которое закрепилось после вхождения земель в состав империи.