Основой фамилии Карпунюшкина послужило церковное имя Карпунюшка. Имя Карпунюшка является уменьшительной формой крестильного мужского имени Карп,которое образовано от греческого «karpos», что значит «приносить пользу» или «плод». Менее вероятно, что в основе фамилии лежит не христианское, а языческое, народное имя Карпунюшка, данное по названию рыбы «карп». Давая младенцу такое имя, как Карпунюшка, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделена эта рыба. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Карпунюшка, со временем получил фамилию Карпунюшкин.