Фамилия Карпунюшкин образована от имени собственного и относится к распространенному типу русских фамилий. Основой фамилии Карпунюшкин послужило церковное имя Карпунюшка. Имя Карпунюшка является уменьшительной формой крестильного мужского имени Карп,которое образовано от греческого «karpos», что значит «приносить пользу» или «плод». Менее вероятно, что в основе фамилии лежит не христианское, а языческое, народное имя Карпунюшка, данное по названию рыбы «карп». Давая младенцу такое имя, как Карпунюшка, родители хотели, чтобы природа воспринимала ребенка как своего, чтобы к нему перешли те полезные качества, которыми наделена эта рыба. Таким образом, потомок человека, обладающего именем Карпунюшка, со временем получил фамилию Карпунюшкин. О точном месте и времени возникновения фамилии Карпунюшкин в настоящее время говорить сложно, поскольку процесс формирования фамилий был достаточно длительным. Тем не менее, фамилия Карпунюшкин представляет собой замечательный памятник славянской письменности и культуры.