Фамилия Карпущенков — отчество, прошедшее две ступени образования. Сначала от имени Карпущ возникло отчество Карпущенко (сын Карпуща), а затем от него — Карпущенков (внук Карпуща). Такая трёхступенчатая цепочка (Карп → Карпущ → Карпущенко → Карпущенков) говорит о том, что фамилия окончательно закрепилась в русской среде, хотя её начальное звено — украинское. Суффикс -енко- в основе прямо указывает: фамилия зародилась на территории Украины или в южнорусских землях, где такие формы были обычны, а потом, при переходе в великорусскую традицию, нарастила типичный русский суффикс -ов.

Имя Карпущ, лёгшее в основу, — это уменьшительная или ласкательная форма от крестильного имени Карп. Греческое слово «карпос» означает «плод» или «приносить пользу». В христианской традиции имя ассоциировалось с плодородием и полезностью. Менее вероятная, но не исключённая версия связывает прозвище Карпущ с рыбой карпом: в народной среде такие «рыбные» имена давали, чтобы ребёнок рос здоровым и сытым, как рыба в пруду. Однако для фамилии Карпущенков церковное происхождение имени выглядит убедительнее: в документах и переписных книгах форма Карпущ встречается именно как производная от канонического Карпа, а не как отдельное языческое имя.

Суффикс -ов в окончании фамилии — стандартный русский патронимический показатель, который закрепился за фамилией, когда носители оказались в среде, где отчества оформляли именно так. Получается, что предок носителя фамилии был либо украинским казаком, либо выходцем с Левобережной Украины, чьи потомки уже на русской службе или при переписи получили фамилию в её современном виде. Встречаемость фамилии сегодня невысока, она сохранилась в основном в центральных и южных областях России, что подтверждает её миграционный след: украинский корень, одетый в русскую форму.