Фамилия Карсункин — одна из тех, что хранит в себе название места, откуда был родом её первый носитель. В основе лежит топоним Карсун. Так называется посёлок городского типа в Ульяновской области — Старая Кулатка, а также река Карсунка, приток Суры. Но есть и более известный географический объект — город Карсун (ныне рабочий посёлок), основанный в середине XVII века как крепость на Засечной черте. Жителей этого города или выходцев из него называли карсунцами, а кого-то из них — Карсуном. От этого прозвища или неофициального именования по месту жительства и образовали фамилию.

Модель образования здесь типичная для русских фамилий центральных и поволжских областей: суффикс -ин добавляется к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. Карсункин означает «чей-то сын» или «чей-то человек» — то есть потомок человека по прозвищу Карсун. Суффикс -ин в данном случае указывает на принадлежность, а не на сословную принадлежность: такую фамилию мог носить и крестьянин, и мещанин, и служилый человек.

Вероятнее всего, предки Карсункиных были связаны с обороной или хозяйственным освоением юго-восточных рубежей Русского государства. Карсунская крепость входила в Симбирскую черту, и её население составляли стрельцы, казаки, пушкари и другие служилые люди «по прибору». Позже, когда граница отодвинулась, их потомки осели на этих землях как государственные крестьяне. Именно в Симбирской губернии, а также в соседних Пензенской и Самарской, фамилия встречается чаще всего.

Менее вероятная, но не исключённая версия связывает фамилию с тюркским словом «карсы» (противоположный, встречный) или с мордовским «карсун» (вид рыбы). Однако географическая привязка к конкретному городу Карсун выглядит убедительнее: она объясняет и форму фамилии, и её ареал. В любом случае, фамилия Карсункин — это отчётливый маркер, указывающий на корни в Среднем Поволжье, на стыке русских и тюркских земель.