Фамилия Карсункина — женская форма, а мужская, соответственно, Карсункин. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе прозвища или имени добавили суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — сын Карсунки). Значит, предок носителя этой фамилии был известен в своей среде как Карсунка.

Самая очевидная и правдоподобная версия связывает прозвище Карсунка с географическим названием. В Поволжье есть поселок городского типа Карсун, административный центр Карсунского района Ульяновской области. Река, на которой он стоит, тоже называется Карсунка. В этом случае прозвище Карсунка мог получить человек, пришедший из этих мест, или переселенец, чья малая родина — Карсун. Учитывая, что фамилии с корнем «карсун» действительно встречаются в документах Симбирской губернии (ныне часть Ульяновской области), эта версия выглядит основной. Человек, которого звали Карсунка, скорее всего, был выходцем с берегов реки Карсунки или из самого села.

Менее распространённая, но не исключённая версия — связь с тюркскими языками. В некоторых тюркских наречиях «карсун» или похожие слова могли означать «сопротивляющийся», «упрямый» или иметь другое бытовое значение, которое закрепилось как прозвище. Однако для фамилии Карсункина эта версия слабее, так как топонимическое объяснение лежит на поверхности и подкреплено исторической географией.

Фамилия Карсункин — редкая, её нет в списке самых частых русских фамилий. Носители, вероятно, происходят из одного или нескольких соседних родов, корни которых уходят в Среднее Поволжье. Суффикс -ин указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где основой для фамилии служило прозвище или имя, оканчивающееся на -а, что типично для северных и центральных русских говоров, но в данном случае привязано к юго-восточному региону.