Фамилия Карыстина — редкий случай, когда основа слова не сразу поддаётся толкованию. С первого взгляда напрашивается связь с диалектным словом «карысть» — так в некоторых южнорусских и украинских говорах называли корысть, выгоду, а иногда и скупость. Однако, если разобраться, более вероятно, что в основе лежит не нарицательное имя, а прозвище Карыста, образованное от глагола «карыстать» — то есть «пользоваться, извлекать пользу». В старину так могли прозвать запасливого, хозяйственного человека, умеющего устроить свой быт. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Карыстин, то есть сын или потомок Карысты. Со временем написание могло закрепиться с окончанием -а по женскому роду, что нередко встречается в фамилиях, перешедших через женскую линию, или в документах, где форму записали в родительном падеже («дочь Карыстина»).

Географически фамилия привязана к югу России и востоку Украины. Встречается в Курской, Белгородской и Воронежской областях, а также в Слобожанщине — там, где было сильно влияние украинской лексики. В этих краях слово «карысть» имело не столько негативный оттенок, сколько нейтральный или даже положительный: «карыстный» означало «выгодный, полезный». Таким образом, прозвище Карыста могло закрепиться за человеком, который умел вести хозяйство с толком.

Есть и другая, менее распространённая версия: связь с тюркским корнем «кары» — «старый, почтенный». В таком случае Карыста — это адаптированное на русской почве имя или прозвище старшего уважаемого человека, а фамилия образована по той же модели. Но эта гипотеза требует дополнительных доказательств, в то время как славянское происхождение от «карысти» лежит на поверхности и подтверждается ареалом бытования.

В написании фамилии встречается вариант Карыстина — с ударением на второй слог, что тоже соответствует южнорусской интонации. Фамилия недворянская, скорее всего крестьянская или мещанская, что типично для фамилий на -ин, образованных от прозвищ.