Фамилия Карюткина образована от мужского прозвища или имени Карютка. В её основе лежит уменьшительно-ласкательная форма от имени Карп, которое пришло на Русь вместе с христианством из греческого языка и означало «плод». Суффикс -к- в имени Карп → Карюта → Карютка — типичный для русской народной традиции: так превращали полные имена в домашние, обиходные. Сравните: Иван — Ивашка, Пётр — Петрушка, Карп — Карюта — Карютка.

Суффикс -ин в окончании фамилии указывает на принадлежность: Карюткин — значит «сын или потомок Карютки». Такая модель — одна из самых распространённых в северных и центральных областях России, особенно в Новгородской, Вологодской и Архангельской губерниях. Там фамилии на -ин часто вытесняли более южные формы на -ов, поэтому Карюткиных можно искать именно в русском Северо-Западе.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным словом «карюка» или «карюта» — так в некоторых говорах называли невысокого, коренастого человека, возможно, с тёмными чертами лица (от «карий» — тёмно-коричневый). Но фонетически «Карютка» ближе к имени Карп, чем к прилагательному, да и суффикс -ют- редок для прозвищ от прилагательных. Поэтому версия с именем Карп выглядит убедительнее.

Фамилия нечастая, не попала в массовые списки дворянских или купеческих родов. Её носители, скорее всего, были крестьянами или посадскими людьми, получившими фамилию по имени отца в конце XVII — XIX веке, когда закрепилась обязательная передача фамилий по мужской линии. Встречается она и сегодня, но в основном в центральной России и Поволжье, что подтверждает миграционные потоки из северных регионов.