Фамилия Каширникова — женская форма фамилии Каширников, а та, в свою очередь, образована от прозвища Каширник. Самое вероятное объяснение этого прозвища — связь с городом Кашира. Это один из старейших городов Подмосковья: он впервые упоминается в 1356 году в духовной грамоте московского князя Ивана II Красного, который завещал село Каширу своему сыну Дмитрию.

Происхождение самого названия города спорно. По одной версии, «Кашира» родственна слову «каша» — в значении «свадебное угощение» (отсюда и «заварить кашу»). По другой, более прозаичной, в основе лежит тюркское «кошара» — «загон для скота»: каширские земли издавна славились благоприятными условиями для скотоводства.

В любом случае, прозвище Каширник, скорее всего, указывало на выходца из Каширы или человека, долгое время там жившего. Такие прозвища по месту прежнего жительства были обычны в среде крестьян и посадских людей: переселяясь, человек получал имя по городу или селу, откуда пришёл. Суффикс -ник в прозвище типичен для названий жителей (ср. москвич — москвичник, туляк — тулячник), хотя встречается реже, чем более привычные -ич или -ец.

Фамилия Каширников (и, соответственно, Каширникова) закрепилась, когда потомки Каширника стали передавать прозвище по наследству. В русской традиции фамилии на -ов/-ев образуются от основ на согласный или -о, поэтому Каширник дал Каширникова. Географически фамилия встречается не только в Подмосковье, но и в Поволжье, что может говорить о миграциях каширских крестьян в XVIII–XIX веках.