Фамилия Касымакунова — женская форма, образованная от мужской фамилии Касымакунов. В русской традиции такие фамилии не склоняются по падежам (кроме случаев, когда носительница — женщина, и фамилия стоит в женском роде). Основа фамилии — тюркское имя Касым (вариант имени Касим), которое в переводе с арабского означает «распределяющий», «разделяющий», а в более широком смысле — «справедливый», «щедрый». Вторая часть — «акун» — восходит к слову «акун» или «акын»: так в Средней Азии называли народных поэтов-импровизаторов, певцов, сказителей. Таким образом, Касымакун — это сложносоставное имя-прозвище, которое можно понять как «Касым-певец» или «справедливый акын».

Словообразовательная модель здесь типична для фамилий народов Центральной Азии, в первую очередь киргизов и казахов. Суффикс -ов/-ев (в женском варианте -ова/-ева) — русский патронимический формант, который добавили при оформлении фамилии в документах Российской империи или СССР. Без этого суффикса исходная форма звучала бы как Касымакун — составное личное имя, где первая часть указывает на имя, а вторая — на занятие или социальную роль носителя.

Фамилия Касымакунова географически тяготеет к Кыргызстану и южным регионам Казахстана. Встречается она и среди тюркоязычных народов, переселившихся в Россию в советское время. Предок носителя этой фамилии, судя по всему, был человеком известным в своей общине: либо уважаемым сказителем, либо просто человеком по имени Касым, который чем-то напоминал акына — например, любил петь или слагать стихи. В дореволюционной Средней Азии фамилий как таковых у простых людей часто не было, их заменяли родовые имена или прозвища, которые позже и легли в основу официальных фамилий.

Интересная деталь: в некоторых диалектах киргизского языка слово «акун» могло означать не только певца, но и знахаря, лекаря, что добавляет ещё одну версию к происхождению. Если предок был не столько поэтом, сколько народным целителем, то прозвище Касымакун могло означать «Касым-лекарь». Однако в ономастике более распространённой считается версия со сказителем, поскольку составные имена с «акын» встречаются чаще.