Фамилия Касымакунов — яркий пример того, как в русской фамильной модели «законсервировалось» тюркское имя с арабскими корнями. Она образована по типичной для восточных окраин Российской империи схеме: к личному имени добавили русский патронимический суффикс -ов. В основе лежит имя Касымакун, которое само по себе составное: первая часть — Касым (араб. «распределяющий», «разделяющий», одно из имён пророка Мухаммеда), вторая — акун, что, скорее всего, является искажённым или диалектным вариантом тюркского «акун» или «акын» — поэт, певец, импровизатор. Таким образом, имя Касымакун могло означать «Касым-певец» или «поэт Касым».

Географически фамилия тяготеет к регионам с киргизским и казахским населением, где распространены двусоставные имена с компонентом «акын». В русской среде такие фамилии стали фиксироваться в конце XIX — начале XX века, когда активно шёл процесс русификации документов и фамилий у кочевых народов. Суффикс -ов здесь работает как притяжательный: «чей?» — «Касымакунов», то есть сын, потомок человека по имени Касымакун.

Интересная деталь: если бы фамилия формировалась по правилам тюркской ономастики, она могла бы выглядеть как Касымакун-уулу (кирг.) или Касымакун-улы (каз.). Русское окончание -ов «выпрямило» конструкцию, сделав её более привычной для имперского делопроизводства. Встречаются варианты написания с одной «с» (Касымакунов) и с двумя (Кассымакунов), но первый вариант этимологически точнее, так как арабское имя Касим в тюркской передаче часто теряет удвоение.

Социальный срез фамилии неоднороден. Носители могли происходить как из среды степной аристократии (манапов), так и из простых скотоводов, где имя давали в честь уважаемого акына. Единственное, что можно утверждать с высокой вероятностью: предок носителя фамилии был мусульманином и говорил на одном из тюркских языков. В современной России фамилия редкая, встречается в основном в Сибири и на Урале, куда мигрировали носители из Средней Азии.