Фамилия Касюсиня — редкий случай, когда мы почти наверняка можем определить не только корень, но и пол носителя, от которого пошла фамилия. Её основа — женское имя Касюся. Это уменьшительно-ласкательная форма крестильного имени Ксения (в народном произношении — Аксения, Ксеня, а отсюда и Кася, Касюся). Формант -ин (в окончании -я — это уже русское падежное окончание, фамилия склоняется как прилагательное женского рода) указывает на принадлежность: «чей?» — Касюсин, то есть сын или потомок Касюси.

В русской ономастике фамилии на -ин/-ын обычно образовывались от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. Касюсиня — это, по сути, женская форма фамилии, которая в мужском варианте звучала бы как Касюсин. То есть в документах фигурировала именно форма «Касюсиня» — либо у вдовы, либо у дочери, либо у женщины, которая в силу бытовых причин была записана под этим вариантом.

Географически фамилия с таким корнем тяготеет к западнорусским и белорусским землям, где форма Кася (от Ксения) была особенно распространена. В отличие от фамилий на -ов, которые чаще встречались в центральных и восточных регионах, -ин — типичный суффиксальный тип для северо-запада Руси, Псковщины, Новгородчины и прилегающих территорий.

Интересно, что фамилия Касюсиня — не просто «сын Касюси», а очень конкретный бытовой след. Чаще всего такие фамилии давали не по отцу, а по матери, если она была известна в округе как Касюся, или по бабушке, которая воспитывала внуков. В крестьянской среде это было редким, но возможным вариантом: фамилия по женской линии могла закрепиться, если женщина была вдовой, а её муж умер рано, или если она была единственной кормилицей в семье.

Других версий происхождения, кроме как от имени Ксения, у этой фамилии практически нет. Корень «кас-» в русском языке не образует самостоятельных прозвищ (в отличие от, скажем, «кос-» или «каш-»), а попытки связать её с литовским или польским kas (кто-то) — натяжка, не подтверждённая ни географией бытования, ни словообразовательной моделью. Так что перед нами редкий, но прозрачный случай: фамилия, в основе которой лежит женское имя, и она прямо говорит о том, что предка звали Касюся.