Фамилия Кацюшка — редкий пример, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив уменьшительно-ласкательную форму. В её основе лежит имя Кац, которое в свою очередь является сокращением от еврейского имени Кацнельсон, Кацман или просто от слова «коэн» (священнослужитель в иудаизме). Суффикс -юшк- (в белорусской и украинской традиции часто -юшка) указывает на то, что исходное прозвище или имя относилось к младшему, любимому или зависимому человеку: Кацюшка — это буквально «маленький Кац» или «Кац-сын».

С географической точки зрения фамилия тяготеет к западным регионам бывшей Речи Посполитой — современным Беларуси, Украине и восточной Польше. Именно там, в местечках и штетлах, была распространена модель образования фамилий с помощью суффикса -юшк- (-юшка). В русском языке этот суффикс встречается реже и чаще в виде -ушк-, поэтому Кацюшка — маркер именно западнорусского или польско-литовского происхождения.

Вероятно, предок носителя фамилии был либо сыном человека по прозвищу Кац, либо сам носил это прозвище в уменьшительной форме. В среде еврейского населения Восточной Европы фамилии часто закреплялись за целыми семьями по тому же принципу, что и у славян: по имени отца или по его занятию. Если Кац — указание на происхождение из рода коэнов (что давало определённые привилегии в синагоге), то Кацюшка могло быть бытовым именем, которое потом стало наследственным.

В отличие от более частых фамилий вроде Кац, Кацман или Каценельсон, форма Кацюшка почти не встречается в официальных документах XIX века, что говорит о её локальном бытовании. Это не фамилия крупных раввинов или купцов — скорее, она принадлежала ремесленникам или мелким торговцам из местечек Волыни, Подолии или Гродненщины. В современной России фамилия крайне редка и чаще всего встречается у потомков переселенцев с запада.