Фамилия Каукенова образована по самой распространённой в русском языке модели — с помощью суффикса -ов и окончания -а. Это указывает на то, что в основе лежит мужская форма Каукенов, которая, в свою очередь, произошла от имени или прозвища Каукен. Корень фамилии — тюркский, что сразу определяет её географическое происхождение: скорее всего, это казахский, татарский или башкирский антропоним.

Основа «Каукен» восходит к тюркскому слову «каук» или «кауык». В разных диалектах оно может означать «сухой», «высохший» (например, о дереве или русле реки), либо «пустой», «полый». В переносном смысле такое прозвище могли дать человеку худощавого телосложения, либо тому, кто жил в засушливой местности. Реже встречается версия, что «Каукен» — это вариант имени Каук, которое в некоторых тюркских языках связывали с понятием «сокол» или «хищная птица», но это предположение менее обоснованно, так как для птиц чаще использовали другие корни.

Интересная деталь: фамилия Каукенова — не просто русифицированная тюркская фамилия, а пример так называемой «вторичной» русификации. Изначально у казахов или татар бытовала фамилия Каукен (без суффикса, как отчество в родительном падеже), а затем, при документировании в Российской империи или СССР, к ней добавили окончание -ов, чтобы вписать в русскую паспортную систему. Поэтому в Казахстане до сих пор встречаются оба варианта: Каукен и Каукенов.

Социальный контекст фамилии — скорее всего, крестьянский или скотоводческий. Носители такой фамилии не относились к знати или духовенству (у тех были фамилии на -улы, -кызы или арабские окончания). Каукеновы — потомки рядовых кочевников или оседлых земледельцев, чьё прозвище закрепилось за родом. Встречается фамилия преимущественно в Западном Казахстане (Актюбинская, Западно-Казахстанская области) и среди татарского населения Поволжья.