Фамилия Кайкеновы — редкий пример, где корень почти наверняка тюркский, а русский суффикс -ов лишь оформил её по модели русских фамилий. Основа «Кайкен» восходит к тюркскому личному имени или прозвищу. В тюркских языках «кай» может означать «скала», «утёс» или «берег», а «кен» — «широкий», «просторный» или «рудник». Сложение даёт что-то вроде «широкая скала» или «береговой простор» — типичный образ для кочевой или горной местности. В казахском, киргизском или башкирском языках такие двухосновные имена встречаются нередко и могли даваться по месту жительства или внешнему признаку.

Суффикс -ов указывает на принадлежность: Кайкенов — сын или потомок Кайкена. Это значит, что предок носителя фамилии носил имя или прозвище Кайкен. Вероятно, фамилия сложилась в среде тюркоязычного населения, которое в XIX — начале XX века, при переходе к оседлости и паспортной системе, получало русские окончания фамилий. Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья, Урала и Западной Сибири, где исторически жили татары, башкиры, казахи.

В отличие от фамилий на -ин, которые часто образуются от основ на -а/-я, -ов здесь — стандартный патронимический формант для основ на согласный. Кайкеновы — это не дворянская фамилия, а скорее крестьянская или казачья, без фиксации в родословных книгах. Встречается она редко, что делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: если вы Кайкенов, ваши корни почти наверняка ведут в тюркскую среду, а сама фамилия не старше середины XIX века.