Фамилия Кайкенов — редкий случай, когда происхождение почти наверняка указывает на конкретную этническую и географическую точку. Скорее всего, это русифицированная форма казахской или тюркской фамилии, образованная от личного имени Кайкен. В казахском языке имя Кайкен (Қайкен) имеет прозрачную структуру: основа «қай» (настойчивый, упорный) и уменьшительно-ласкательный суффикс «-кен». Получается что-то вроде «упрямец» или «настойчивый мальчик». Русский суффикс -ов добавили при паспортизации, чтобы вписать фамилию в привычную модель «сын такого-то».

Вторая версия, менее вероятная, но имеющая право на существование, — связь с топонимом. В Казахстане есть урочище Кайкен (в Карагандинской области), и фамилия могла возникнуть у выходцев оттуда. Однако для фамилий такого типа (с суффиксом -ов) характерно происхождение от имени отца, а не от названия места.

Суффикс -ов в русской традиции — маркер принадлежности или родства. Если бы фамилия осталась в исконной казахской форме, она звучала бы как Кайкен (без окончания) или Кайкенулы (сын Кайкена). Появление -ов говорит о том, что предок носителя фамилии жил в Российской империи в период активной русификации документов — примерно в XIX — начале XX века. Тогда казахам, татарам, башкирам и другим тюркским народам массово добавляли русские патронимические окончания.

Социальный контекст простой: носители фамилии Кайкенов — это потомки скотоводов или земледельцев из степных регионов. Никакого дворянства или купечества за этой фамилией не числится. Встречается она сегодня преимущественно в Казахстане, а также среди казахской диаспоры в России (Оренбургская, Астраханская области). В русских переписных книгах XVII–XVIII веков её нет — это поздняя фамилия, возникшая уже в индустриальную эпоху.