Фамилия Канкенов — редкий случай, когда географический разбор даёт больше, чем попытка найти корень в нарицательном слове. Скорее всего, перед нами не русская фамилия в классическом понимании, а русифицированная форма тюркской или кавказской фамилии. Суффикс -ов указывает на то, что её носители — или их предки — оказались в русскоязычной среде и адаптировали фамилию под местную модель: в русском языке фамилии на -ов/-ев образуются от имён, прозвищ или названий профессий, но основа «Канкен» в славянских говорах не встречается.

Самая вероятная версия — фамилия происходит от казахского или другого тюркского имени Канкен (вариант — Канкем). В тюркских языках имя могло сложиться из двух частей: «кан» (кровь, но в переносном смысле — «род», «знатный» или «хан») и «кен» (в разных диалектах — «широкий», «просторный» или «рудник»). Однако более правдоподобно, что «Канкен» — это местный вариант имени Канкы, которое встречается у казахов и ногайцев. В таком случае фамилия Канкенов означает «потомок Канкена» или «принадлежащий роду Канкена».

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — связь с калмыцкой фамилией Канкенов. У калмыков «канкен» может быть искажением слова «кенкен» (маленький) или именем, образованным от тибетских буддийских имён, которые в XVII–XVIII веках активно проникали в калмыцкую ономастику. Если это так, то фамилия указывает на предка-буддиста, возможно, из среды калмыцких казаков, служивших в Астраханском крае.

Третья, самая редкая гипотеза — искусственное происхождение. В XIX веке при крещении инородцев или при записи в ревизские сказки чиновники могли на слух записать фамилию по звучанию. Например, осетинская фамилия Кануков, записанная с искажением, могла превратиться в Канкенов. Но для этого нет убедительных документальных подтверждений.

Главное отличие Канкеновых от массы других фамилий на -ов — их изначальная нерусская основа. Фамилия почти не встречается в центральных областях России, её очаги — Казахстан, Оренбуржье, Астраханская область и Калмыкия. Носители этой фамилии, скорее всего, потомки кочевников или казаков, перешедших к оседлости и получивших фамилию по имени деда или отца в XIX веке, когда массово закреплялись родовые прозвания.