Фамилия Кайпаев — редкий случай в русском ономастиконе, где тюркская основа «съела» типичный русский суффикс. Разберёмся по порядку.

Фамилия образована по продуктивной модели на -ев, которая в русском языке присоединяется к основам, оканчивающимся на мягкий согласный или гласный. Здесь суффикс -ев указывает на принадлежность: «чей?» — Кайпаев, то есть сын или потомок Кайпая. Основа — личное имя Кайпай, которое бытовало у тюркских народов, в первую очередь у казахов, башкир и татар.

Само имя Кайпай неоднозначно. Наиболее правдоподобная версия связывает его с тюркским корнем «кайып» (или «гайып»), что восходит к арабскому «гайб» — «скрытый, тайный, невидимый». В исламской традиции это слово имеет оттенок «сокровенное знание» или «то, что сокрыто от глаз». Имя Кайпай могли дать ребёнку как оберег, чтобы уберечь от сглаза или злых сил — считалось, что обладатель такого имени остаётся «невидимым» для недобрых намерений. Встречается и другой вариант толкования: от «кайып» в значении «отсутствующий, пропавший» — такое имя могли дать после долгого отсутствия отца или в знак того, что ребёнок родился, когда отец был в отъезде.

В русской среде фамилия закрепилась, когда носители тюркского имени переходили в православие или просто попадали в документы русских писцов. Суффикс -ев «обрусел» фамилию, сделав её понятной по форме: Кайпай + ев = Кайпаев. Географически фамилия встречается в Оренбуржье, Башкортостане, Татарстане, а также среди казахских родов, которые исторически контактировали с русским населением.

Интересная деталь: ударение в фамилии обычно падает на последний слог — Кайпа́ев, хотя в исходном имени Кайпа́й оно также на конце. Это характерно для многих тюркских фамилий на -ев, которые при заимствовании сохранили акцент на суффиксе.