Фамилия Кайрекенова звучит необычно для русского уха, и это прямой намёк на её происхождение. Она образована по тюркской модели, скорее всего, казахской или киргизской, и указывает на то, что предок носителя фамилии был человеком по имени или прозвищу Кайрекен.

Разберём основу. «Кайрекен» (или «Кайыркен») — составное имя. Первая часть «кайыр» (в казахском и киргизском) означает «милость», «благодать», «добро». Вторая часть «кен» — один из распространённых компонентов в тюркских именах, означающий «широкий», «просторный», а в переносном смысле — «щедрый», «богатый». Таким образом, имя Кайрекен можно перевести как «щедрая милость» или «широкая благодать». Это типичное для кочевых народов имя-пожелание, которое родители давали ребёнку, надеясь на его счастливую и изобильную жизнь.

Суффикс -ова в конце — это уже русский патронимический суффикс, который добавили при оформлении фамилии в документах Российской империи или советских загсах. Для мужчин фамилия звучала бы как Кайрекенов, для женщин — Кайрекенова. Такая модель — тюркское имя плюс русское окончание — характерна для многих фамилий народов Средней Азии и Казахстана, которые вошли в состав России в XIX–XX веках.

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным регионам Казахстана, а также к Оренбургской и Астраханской областям России, где исторически велики казахские диаспоры. Встречается она нечасто, что говорит о её локальном бытовании: скорее всего, предки носителей были выходцами из одного конкретного рода или аула.

Сословно предки Кайрекеновых, вероятнее всего, были скотоводами-кочевниками, и фамилия закрепилась за ними уже после перехода к оседлости. В отличие от русских фамилий, которые часто образовывались от профессий, здесь мы видим прямое имя родоначальника, что сближает эту фамилию с древнейшей моделью именования «по отцу».