Фамилия Карекенова образована от мужского имени Карекен, которое, скорее всего, имеет сложную тюркскую основу. Разбирать её стоит с конца: суффикс -ов (в женском варианте -ова) — типичный русский патронимический формант, указывающий на принадлежность («чей?»). Но сама основа не славянская, а принесённая в русскую ономастику через межэтнические контакты.

Скорее всего, в основе лежит казахское или близкое к нему тюркское имя Карекен. Оно состоит из двух частей: «кар» и «екен». «Кар» в тюркских языках может означать «снег» или, в переносном смысле, «чистота», «белизна». Вторая часть «екен» — это усилительная частица, которая переводится как «оказывается», «ведь», «именно». В составе имени она подчёркивает качество: «именно снежный», «чистый». Есть и другая версия: «екен» может быть формой глагола «быть», тогда имя приобретает оттенок «снежный человек» или «тот, кто как снег». Правдоподобнее первая версия — с усилительной частицей, типичной для тюркского имясложения, где имя описывает внешность или характер.

Фамилия эта нечастая и имеет чёткую географическую привязку к регионам, где исторически смешивались русское и казахское население: Астраханская, Оренбургская области, республики Северного Кавказа (особенно Дагестан), а также Казахстан. Встречается она и у татар, и у народов Поволжья. В отличие от фамилий на -ин, которые в русском языке чаще образуются от основ на -а/-я, фамилии на -ов/ -ев более универсальны и могли фиксировать имя отца в официальных документах (переписях, ревизских сказках) при переходе тюркских народов в русское подданство.

По сути, Карекенова — это «дочь (или жена) Карекена». Предок носителя фамилии, скорее всего, был человеком, которого в общине знали под именем Карекен. Никакого отношения к ремеслу или сословию эта фамилия не имеет — она чисто именная, патронимическая. Сословный состав носителей мог быть любым: от крестьян и казаков до мелких служилых людей, принявших православие и вместе с ним получивших фамилию по отцу.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на третий слог: Кареке́нова, хотя в устной речи возможны колебания под влиянием местных говоров.