Фамилия Кайргузин — редкий случай, когда в основе лежит не славянское, а тюркское имя, причём с довольно прозрачной внутренней формой. Разбираем её по частям: «Кайр» и «гуз». Первая часть восходит к арабскому «хайр» (خير) — «благо», «добро», «милость». В тюркских языках это слово дало множество имён: Кайрулла, Кайрат, Кайырбек. Вторая часть — «гуз» — это искажённое «күз» или «гөз» (глаз) в башкирском, татарском, казахском. Соединяясь, они дают значение «добрый глаз» или «благой взгляд» — типичное имя-оберег, которое давали ребёнку, чтобы уберечь его от сглаза и злых сил.

Суффикс «-ин» в фамилии — русский патронимический формант, указывающий на принадлежность. В данном случае он присоединился к уже готовому тюркскому имени Кайргуз (или Кайыргуз). Модель образования типична для русской фиксации нерусских имён: «чей?» — Кайргузин, то есть «сын (или потомок) Кайргуза». Это ставит фамилию в один ряд с такими, как Абдуллин, Муратов, Тимирязев, где тюркское имя получило русское окончание.

Географически фамилия тяготеет к Башкортостану и Татарстану, реже встречается у казахов. По данным переписей и телефонных справочников, большинство носителей живут в Башкирии, особенно в южных и западных районах. Это указывает на башкирское или татарское происхождение рода. Социально предки Кайргузиных скорее всего были рядовыми общинниками — тептярями или башкирами-вотчинниками, а не знатью, поскольку сложные арабские имена с эпитетами «благой» были распространены в народной среде, а не только у мулл.

Любопытная деталь: написание через «а» (Кайргузин) вместо ожидаемого «Кайыргузин» — результат адаптации к русской орфографии, где «ай» передаёт звук, близкий к тюркскому «айы». Если бы фамилию записывали в XIX веке точнее, она могла бы выглядеть как Каиров-Гузин или Кайыргузин, но в метрических книгах приказчики и волостные писари упрощали незнакомые сочетания. Таким образом, современный вариант — это компромисс между тюркским произношением и русским письмом.