Фамилия Кайрин — редкий случай, когда происхождение почти наверняка не русское, а тюркское или кавказское, и это видно по её строению. Основа здесь — личное имя или прозвище Кайра (Кайыр, Каир), которое в тюркских языках может означать «польза», «благо», «милость» или «достоинство». Суффикс -ин в данном случае работает не как типичный русский патронимический суффикс принадлежности (чей? — отца Кайры), а как русифицированное окончание, адаптировавшее фамилию к русской грамматике. Многие носители фамилии Кайрин в России — это потомки татар, башкир, казахов или народов Северного Кавказа, чьи предки получили фамилию при переходе на русское делопроизводство в XIX — начале XX века.

Есть и вторая, менее вероятная, версия, которую иногда выдвигают ономасты для фамилий с похожим звучанием: связь с греческим именем Кирилл через его диалектные формы (Кайрил → Кайрин). Но она слаба, потому что для русского уха фамилии на -ин от имени Кирилл давали бы форму Кириллин или Кирилов, а не Кайрин. Скорее всего, перед нами именно тюркский след, и географически фамилия чаще встречается в Оренбургской области, Татарстане и на юге Урала.

Интересная деталь: в казахском языке имя Қайыр (Кайыр) имеет устойчивое значение «благодеяние», «доброе дело», и в прошлом такое имя могли дать мальчику в знак пожелания, чтобы он вырос щедрым и справедливым человеком. Таким образом, фамилия Кайрин — это не прозвище по ремеслу или внешности, а память о личном имени предка, которое несло в себе положительную характеристику. Встречается также вариант написания с одной «р» — Кайин, но это уже другая фамилия, с иной основой.