Фамилия Кайсанова — женская форма фамилии Кайсанов, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно он хранит ключ к происхождению. В основе фамилии лежит имя или прозвище Кайсан. Словообразовательная модель проста: суффикс -ов- указывает на принадлежность («чей?»), то есть Кайсанов — это потомок или человек из рода Кайсана.

Самое правдоподобное объяснение корня «Кайсан» — это тюркское мужское имя. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) существует имя Кайсан (или близкое к нему Кайсын), которое восходит к арабскому «касим» — «распределяющий», «разделяющий». Однако есть и другая, более редкая версия: усечённая форма от христианского имени Кесарий (Кайсарий). В русской народной традиции полные имена часто сокращали, и от Кесария вполне мог возникнуть вариант Кайсан. Но для фамилии Кайсанов тюркская версия убедительнее ещё и потому, что суффикс -ов- в русских фамилиях чаще всего присоединялся к основам, нехарактерным для славянского именослова, если они были заимствованы из соседних языков.

Географически фамилия Кайсановы (и Кайсанова) тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием: Поволжье, Приуралье, юг Сибири. Встречается она и у русских, и у татар, и у башкир. Если предки были крестьянами или мещанами, фамилия могла закрепиться в XVI–XVII веках, когда на Руси шёл массовый учёт населения, и прозвища превращались в наследственные фамилии. В дворянских родословных книгах эта фамилия не фигурирует — скорее всего, носители были из податных сословий.

Стоит обратить внимание на редкую черту: в фамилии Кайсанова ударение может падать на второй слог (КайсАнова) или на третий (КайсанОва), в зависимости от региональной традиции произношения. Это не меняет её этимологии, но подчёркивает, что фамилия бытовала в разных диалектных зонах.