Фамилия Кайсанов образована по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «сын Кайсана». Основа здесь — личное имя или прозвище Кайсан. И вот тут начинается самое интересное, потому что у этого имени может быть минимум два разных корня, и какой из них сработал в конкретной семье — вопрос географии и контекста.

Самый вероятный источник — тюркское мужское имя Кайсан (варианты: Кайсын, Кайсун). В тюркских языках оно восходит к арабскому «касим» (делящий, распределяющий) или к древнетюркскому «кай» (скала, крепость) с аффиксом принадлежности. Имя было распространено у татар, башкир, казахов и других народов, исповедующих ислам. Если предки носителя фамилии были крещёными татарами или выходцами из тюркской среды, то Кайсанов — это русифицированная форма отчества от этого имени. В русских документах XVI–XVII веков встречаются записи о служилых людях с таким именем, например, «Кайсанко Иванов сын» — типичное указание на нерусское происхождение, обрусевшее через крещение.

Вторая версия, менее распространённая, но возможная для южнорусских регионов, — прозвище Кайсан от диалектного глагола «кайсать» (в некоторых говорах — говорить резко, перечить, ссориться). Человек, получивший такое прозвище, мог быть спорщиком или задирой. Однако эта гипотеза слабее: глагол редкий, а фамилия явно не относится к числу частых прозвищных образований вроде Молчанов или Говоров. Кроме того, суффикс -ов при прозвищной основе обычно даёт фамилии типа Кайсанов, но если бы прозвище было широко известно, мы бы видели больше однокоренных фамилий в тех же областях, а их почти нет.

Географически фамилия Кайсанов встречается в Поволжье, на Урале и в Западной Сибири — как раз в зоне активного контакта русского и тюркского населения. Встречаются также варианты написания Кайсынов и Кайсонов, но они ещё реже. Сословно носители фамилии в XVIII–XIX веках чаще всего были государственными крестьянами или однодворцами, реже — купцами и мещанами. Дворянских родов с этой фамилией в гербовниках не зафиксировано.

Таким образом, скорее всего, Кайсанов — это потомок человека по имени Кайсан, которое пришло в русскую ономастику из тюркского мира. Фамилия нечастая, но с чёткой этимологической привязкой к восточному влиянию, что делает её интересным маркером межэтнических связей в истории русских фамилий.