Фамилия Кайсенов — типичный пример русской по форме, но тюркской по происхождению фамилии, распространенной в среде казахов. Её основа — личное имя Кайсен, которое само по себе является результатом сложных фонетических изменений. Скорее всего, Кайсен — это одна из народных форм имени Казын. В переводе с казахского «казын» означает «сокровище», «клад», «драгоценности». Таким именем родители могли назвать долгожданного или единственного ребенка, подчеркивая, что он для них — бесценное сокровище.

Есть и другая, не менее правдоподобная версия. Кайсен мог возникнуть как краткая, обиходная форма от имени Касым (или Касим). Это имя арабского происхождения, означающее «распределяющий», «раздающий», а также «кормилец». В этом случае в имени был заложен пожелательный смысл: родители надеялись, что сын вырастет справедливым человеком и надежным кормильцем семьи. Кроме того, у имени Касым есть и второе значение — «красивый», «прекрасный».

В истории Казахского ханства имя Касым носил один из самых известных правителей — хан Касым (ок. 1445–1521), сын Жанибека. Он правил с 1511 по 1518 год и вошел в историю как создатель первого свода законов Казахского государства — «Каска жол» («Светлая дорога»), основанного на древних тюркских обычаях и нормах шариата. Хотя прямая связь между ханом и фамилией Кайсенов маловероятна, само имя было широко распространено и почитаемо.

Суффикс -ов указывает на то, что фамилия оформлялась по русской модели, что типично для многих казахских фамилий, записанных в документах XIX–XX веков. По сути, Кайсенов — это «сын (или потомок) Кайсена». Фамилия не указывает на конкретное сословие или род занятий предка, но однозначно говорит о его имени, которое несло в себе либо пожелание богатства и ценности, либо надежду на справедливость и достаток в семье.