Фамилия Кайсенев — редкий случай в русском ономастиконе, и её разбор требует внимания к деталям, которые обычно ускользают при беглом взгляде. Скорее всего, перед нами фамилия тюркского происхождения, адаптированная русской суффиксальной моделью. Основа «Кайсен» восходит к тюркскому имени или прозвищу. В тюркских языках «кай» может означать «скала», «утес» или «крепкий», а «сен» — «ты» или в составе сложных имен — «подобный», «равный». Таким образом, Кайсен могло быть личным именем со значением «крепкий, как скала» или «подобный скале». Русский суффикс -ев (вариант -ов после мягких и шипящих) указывает на принадлежность: «сын Кайсена» или «из рода Кайсена».

Модель образования типична для фамилий, которые фиксировались у крещёных татар, башкир, казахов или других народов, вошедших в состав Российской империи. Фамилия могла возникнуть в среде служилых татар или крестьян-однодворцев южных губерний, где смешение тюркских и славянских антропонимических традиций было обычным делом. Географически фамилия редкая, её можно встретить в Оренбуржье, Татарстане или Башкортостане — регионах с исторически сильным тюркским населением.

Спорных версий здесь немного. Можно предположить, что основа «Кайсен» — это искажённая форма арабского имени Хасан (через тюркское произношение), но это менее вероятно: фонетический переход «Хасан → Кайсен» нехарактерен, а в тюркских языках «кай» — самостоятельный корень. Другая гипотеза — связь с монгольским «хайсан» (красивый), но для русских фамилий это экзотика, и подтверждений нет.

Таким образом, предки носителя фамилии Кайсенев — вероятнее всего, тюркоязычный человек по имени Кайсен, принявший православие или живший в русскоязычной среде. Фамилия не указывает на конкретное ремесло или сословие, но её редкость говорит о том, что род был немногочисленным и локальным.