Фамилия Кайшигарин — редкий случай, когда ареал бытования почти сразу указывает на происхождение. Основная масса носителей сосредоточена в Казахстане и прилегающих регионах России, что даёт основание видеть в основе фамилии тюркское, скорее всего казахское, слово.

Разберём корень. «Кайши» (каз. қайшы) переводится как «ножницы». Второй компонент — «гар» — это тюркский суффикс деятеля, аналогичный русскому «-арь» или «-щик». Таким образом, «кайшигар» — это «ножничник», то есть мастер, который изготавливает ножницы или работает ими (например, портной, закройщик). Фамилия образована по русской модели с помощью патронимического суффикса -ин, который в тюркских фамилиях часто присоединяют к основе на гласный или мягкий согласный: Кайшигар + ин = «сын ножничника» или «из семьи Кайшигара».

Интересно, что в отличие от многих русских фамилий на -ин, где основа — личное имя (Иван → Иванов, но Иванин — от женского имени Ивана), здесь суффикс прирос к прозвищу, обозначающему ремесло. Встречаются варианты написания с одной «и» — Кайшагарин, но более частотный вариант с двойной «и» — Кайшигарин — точнее передаёт звучание исходного слова «қайшы».

В ономастических справочниках эта фамилия не упоминается, что говорит о её локальном характере и относительно позднем оформлении. Скорее всего, она закрепилась в XIX — начале XX века, когда у казахов стали массово появляться фамилии по русскому образцу. Предок-носитель был ремесленником, возможно, портным или жестянщиком, и его прозвище по профессии закрепилось за потомками.