Фамилия Каюшникова — женская форма фамилии Каюшников, которая образована от прозвища или профессионального именования Каюшник. В основе лежит слово «каюк» — так в южных и центральных регионах России называли небольшую плоскодонную лодку или барку. В словаре В. И. Даля «каюк» — это речное судно, используемое для перевозки грузов. Соответственно, Каюшник — это человек, который строил такие лодки, управлял ими или владел. Суффикс -ник в русских прозвищах часто указывает на ремесло: бондарь — бондарник, плотник — плотничник. Здесь тот же принцип: каюк → каюшник (с чередованием к/ч).

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «каюкать» — говорить невнятно, бормотать, или с «каюк» в значении «конец, гибель» (от тюркского «qajuk»). В таком случае прозвище Каюшник могли дать человеку неразговорчивому, угрюмому или тому, кто часто употреблял слово «каюк» в речи. Однако для фамилии, закрепившейся в письменных источниках, ремесленная версия выглядит убедительнее: прозвища по профессии переходили в фамилии чаще, чем бытовые характеристики.

Фамилия Каюшников (и Каюшникова) — относительно редкая. Она встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что косвенно подтверждает «речную» версию: Волга, Кама и их притоки — традиционные места хождения каюков. В метрических книгах XIX века носители фамилии фиксировались в основном среди государственных крестьян и мещан — то есть людей, связанных с речным промыслом или торговлей, а не с дворянским сословием.

Словообразовательная модель проста: корень «каюк» (с чередованием к/ч), суффикс -ник (указывает на деятеля), фамильный суффикс -ов (притяжательное значение). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Каю́шников. В дореволюционных записях встречается вариант написания Каюшниковъ — с твёрдым знаком на конце.