Фамилия Кайыпбай — редкий пример фамилии, которая не перешла в русскую модель с суффиксом -ов/-ев. Она сохранила исходную тюркскую форму, что сразу указывает на её происхождение из среды, где фамилии либо не требовались, либо закреплялись в документах так, как звучали в устной речи.

Основа фамилии — имя Кайыпбай. Оно составное, типичное для казахской и других тюркских антропонимических традиций. Первая часть, «Кайып», восходит к арабскому «гайб» (غيب) — «скрытое», «тайное», «неведомое». В исламской культуре это слово связано с понятием сокровенного знания, доступного только Богу. Вторая часть, «бай», — тюркский титул, означающий «богатый», «господин», «хозяин». Раньше такие имена давали с пожеланием благополучия и уважения, а также как оберег: считалось, что имя, указывающее на скрытость или невидимость, может защитить ребёнка от сглаза.

Фамилия Кайыпбай бытует в основном в Казахстане, а также среди казахов в приграничных районах России (Астраханская, Оренбургская области). В русских документах её могли записывать как Каипбай, Кайыпбаев, но исходная форма без суффикса встречается реже и говорит о том, что носители, вероятно, не проходили массовую русификацию фамилий в XIX–XX веках.

С точки зрения словообразования, это чистая основа без патронимического суффикса — то есть фамилия совпадает с личным именем предка. Такое характерно для народов, где фамилии стали фиксироваться поздно, и в качестве них брали имя отца или деда без изменений. Если бы фамилия была Кайыпбаев, она означала бы «сын Кайыпбая», но форма Кайыпбай говорит о том, что предок так и звался, и фамилия закрепилась именно в этом виде.

Встречаются также варианты написания через «а» — Каипбай, что связано с особенностями передачи тюркского звука «ы» в старой русской транскрипции. В советских паспортах могли записать по-разному, поэтому у родственников иногда фамилии отличаются одной буквой. Но исходное значение от этого не меняется: «тайный богач» или «господин сокровенного» — имя с глубоким смыслом, соединявшее религиозный подтекст и социальный статус.