Фамилия Кайыпов — редкий пример тюркской фамилии, которая в русской среде сохранила свою исходную фонетику и не была русифицирована суффиксом. Её основа, Кайып, восходит к арабскому имени Кайюм (аль-Кайюм — «Вечный», «Сущий», один из эпитетов Аллаха), которое через тюркское посредничество приобрело форму Кайып. В исламской традиции это имя нередко давали мальчикам, желая подчеркнуть божественное покровительство.

Модель образования фамилии — притяжательный суффикс -ов, характерный для русских фамилий, который присоединили к тюркскому личному имени. Однако в отличие от большинства фамилий на -ов, где ударение падает на суффикс (Иванов, Петров), в фамилии Кайыпов ударение, скорее всего, остаётся на корне — Кайы́пов. Это указывает на то, что фамилия вошла в обиход через официальные документы (списки, метрики), а не через естественное бытовое произношение.

Географически фамилия Кайыпов распространена в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, Казахстане, а также среди туркмен и узбеков. В дореволюционной России носители такой фамилии, вероятно, были из числа крестьян или мелких торговцев — фамилию на -ов давали при переписях или при переходе в православие, что было редкостью для мусульманских имён. Встречается вариант Каипов — более адаптированный к русской орфографии, где «й» заменён на «и».

С точки зрения этимологии, версия о связи с тюркским «кайып» («исчезающий», «скрывающийся») маловероятна: это значение не имеет устойчивой антропонимической традиции, а имя Кайып в исламских именословах устойчиво связано именно с божественным атрибутом. Таким образом, фамилия Кайыпов — это редкий пример прямого заимствования арабского теофорного имени через тюркское посредство, закреплённого русским патронимическим суффиксом.