Фамилия Кайпов — редкий случай, когда за простой на первый взгляд основой может скрываться несколько разных историй, и каждая по-своему правдоподобна. Разбирать её стоит не с корня, а с географии: большинство носителей фамилии сосредоточено в Поволжье и на Урале, среди татар, башкир и чувашей. Эта привязка сразу подсказывает, что искать происхождение нужно в тюркских языках, а не в славянских.

Самая прямая версия ведёт к татарскому имени Кайып или Кайыпкул. В тюркской ономастике «Кайып» — это вариант имени Гаиб, которое значит «скрытый», «невидимый», «таинственный». В народной традиции так называли ребёнка, чтобы уберечь его от сглаза или злых сил: считалось, что «невидимый» для духов останется незамеченным. Суффикс -ов в фамилии Кайпов — стандартный русский патронимический формант, который прикрепили к тюркскому имени при оформлении документов. То есть Кайпов — буквально «сын Кайыпа».

Есть и более прозаичная гипотеза, связанная с тюркским словом «кайып» в значении «исчезнувший», «пропавший». Прозвище Кайып могли дать человеку, который долго отсутствовал или вернулся после долгих скитаний. Однако для фамилии, закрепившейся у нескольких народов, имя-оберег выглядит убедительнее, чем бытовое прозвище.

Отдельно стоит рассмотреть чувашский след. В чувашском языке есть слово «кайăп» — «пойду» (форма будущего времени от глагола «кайма» — идти). Но связывать с ним фамилию рискованно: глагольные формы в основе фамилий у чувашей встречаются, но редко, и обычно они превращались в прозвища по действию. Вероятнее, что чувашские Кайповы — это те же носители татарского имени, адаптированного местным произношением.

Фамилия не относится к дворянским или старинным аристократическим — она типично крестьянская, возникшая в XIX веке, когда массово давали фамилии по отцу. Её носители — потомки людей, которых в метриках записывали как «Кайыпов сын» или просто «Кайпов». Встречаются и варианты написания Каипов, Кайыпов — это следы разной передачи тюркского звука «ы» на письме.