Фамилия Каипова напрямую связана с восточным мужским именем Каип. В основе лежит тюркское слово «gaip», которое переводят как «отсутствующий» или «невидимый». Это имя носил казахский хан, правивший в 1710–1718 годах, что добавляет фамилии исторического веса. Сама фамилия образована по русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: Каипова буквально значит «дочь (или жена) Каипа». Встречается и мужской вариант Каипов, а также форма с тюркским корнем -оглы («потомок, сын»), типичная для турецких и гагаузских фамилий.

Фамилия фиксируется в документах разных регионов. В Книге памяти Республики Башкортостан записан Каипов Ильяс Ахметзянович, 1931 года рождения, уроженец Севастополя. В Книге памяти Алматы есть сведения о Каипове Кадыке, 1896 года рождения, из аула Меркинский Алма-Атинской области. Эти записи показывают, что носители фамилии жили как в европейской части России, так и в Средней Азии, что отражает широкое распространение имени Каип среди разных тюркских народов.

Имя Каип не стоит путать с арабским «Гаиб» (сакральное «сокрытое»), хотя корни у них общие. В тюркской среде имя могло даваться с пожеланием ребёнку оставаться незаметным для злых сил — своего рода охранительное имя. Таким образом, фамилия Каипова — это не просто указание на родство, а отсылка к древнему обычаю и конкретной исторической личности.