Фамилия Каиповы образована от мужского имени Каип, которое имеет тюркские корни. Скорее всего, оно восходит к арабскому слову «гаиб» (غائب), означающему «отсутствующий, невидимый» или «сокрытый». В исламской традиции этот эпитет применяется к некоторым пророкам и святым, а также к имаму Махди, который, по преданию, находится в «сокрытии». Таким образом, имя Каип могло быть дано ребенку как символическое пожелание или как указание на то, что он родился в отсутствие отца.

Исторически имя Каип было известно в разных тюркских династиях. В частности, так звали казахского хана, правившего в 1710–1718 годах. Однако сама фамилия уходит корнями глубже, в XV–XVII века, когда в русские земли переселялись выходцы из Золотой Орды, печенеги и половцы. Многие из этих переселенцев впоследствии входили в состав русского дворянства, поэтому фамилия Каипов встречается в старинных родословных книгах.

Словообразовательная модель проста: к основе «Каип» добавили типичный русский патронимический суффикс «-ов», который указывает на принадлежность к роду («чей?» — «Каипов сын»). В женском варианте — Каипова, во множественном числе — Каиповы. Фамилия нередко встречается у татар, башкир и других народов Поволжья и Приуралья, что подтверждает её восточное происхождение. Встречаются и варианты написания, например, Каипович — как отчество, но сама фамилия закрепилась именно в форме Каипов.